麦が1歳になる手前で子供を9匹産みました。同じコーギーです。
今は2匹を手元に残して全部で３頭飼おうとしています。
子供達は、産箱で9匹ずっと一緒に暮らして来て最終的に2匹になっています。

産箱では低く出てしまう月齢になったのでケージを買いました。
その際、ケージを2つ合体させて広めの部屋に2匹を一緒に入れているのですが、ケンカしたりするので（基本仲良いです）将来も考えるとケージは分けた方が良いのか、一緒が良いのかわかりません...
ちなみに、トイレは2つ入れていますが、トイレがベッドになってしまってちゃんとしてくれません。

また、麦が子供達のケージの前を行ったり来たりすると、子供達がワンワン吠えて、麦もワンワン吠えて大騒ぎです。
子供達をケージの外に出すと、麦が追いかけ回して、ガブーっと首を噛んで子供達がものすごい歯向かっています。
どうしたら良いでしょうか..

■犬種：コーギー
■愛犬の名前：麦、姫、麻呂
■犬の年齢：1歳3ヶ月、3ヶ月、3ヶ月
■生後何ヶ月であなたの家に迎えましたか：産まれた時から（自宅出産）
■愛犬の性別：麦メス、姫メス、麻呂オス
■去勢避妊の有無：まだしていない
■飼育場所：麦はフリー、姫、麻呂は一緒のケージ
■愛犬の好きなもの：麦は鶏肉、氷
■愛犬の嫌いなもの：
■家族構成：夫婦と犬

麦を大きいケージに入れてみる。
ケージを分けてみる
→子供達は両方共ワンワン吠えます。

犬を飼う際は、基本的なしつけと飼い主さん家族と一緒に生活する為のルールとマナーを教えていく為に、環境を整える必要があります。
ココでよく紹介する庭付き一戸建てシステムは、犬１頭につき、１セットを準備して、それぞれの居場所を作って生活させたい所です。その中に入れるのは、食事。寝る時。留守番時など。
トイレの躾が完了していないコは、飼い主さんが見ていられない時にはサークルに戻しておき、リビングで粗相してしまうのを防ぐなどの時にも、サークルに入れておけます。

あとは、他のコが飼い主さんとマンツーマンでイチャイチャしたりしつけのトレーニングをする間は、相手にしてもらえないコは各自のサークル内で静かに自分の番になるまでくつろげるように（サークル内から吠えないようになど）練習をしていく必要があります。
常に犬同士が一緒にいるのではなく、１頭づつ自立していられるようにしておくのは必要な事です。
なので、兄弟を同じサークル内で生活させるのはオススメできません。

お母さん犬はフリーのようですが、お問い合わせくださったような困り事が発生している所をみると、お母さん犬にも庭付き一戸建てシステムを準備して３頭それぞれの居場所を作って、全頭の躾をし直す必要がありそうです。

３台分を置くスペースが余裕であれば良いですが、難しいのが一般のお宅だと思います。
我が家も３台分なんてとても置けるスペースはありません。
置いている方は、２階建てにしたりしてスペース確保してくださっていますが、その場合２階以上のコは飼い主さんが毎回ダッコで出入りをさせねばならずなかなか大変です。

と、このように、躾を教えていく段階のワンちゃんが３頭となると環境を整えることや１頭づつの時間を作るなど大変なものなのです。
なので、多頭飼いをしようとお考えの場合は、１頭目のコの躾を完了させてから、２頭目を迎えても大丈夫かチェックしてそこで初めて多頭飼いの準備をして頂くのが理想なのです。

お散歩も、しつけをきちんとする前に３頭一緒に連れて行ってしまうと、１頭が吠えだしたら、便乗して他のコも吠えて収拾がつかない。という困り事になります。
子供犬は、まだ若いので、１頭づつ散歩したり、躾したりするのがまだまだ間に合います。
どうぞ、お散歩で他犬やバイクなどに吠えてたいへん！という状況になる前に、それぞれの躾をして欲しいです。
早めに褒めてしつけるドッグトレーナーについて、トレーニングを開始してください。